A pesar de la posición de Indonésia de no alinearse con los bloques soviético y estadounidense, los conflictos internos del país cambian las decisiones políticas. Después de haber instituido un sistema de democracia « dirigida » y « guiada », el presidente Soekarno decide acercarse al partido comunista indonesio: el PKI. Pero pronto, la economía indonesia se desmorona y la inflación se dispara.

Conflictos políticos y toma del poder

La situación es crítica e Indonésia está a punto de estallar. El movimiento del 30 de septiembre de 1965 cerca de Yakarta viene a trastornar el orden ya vacilante. En la noche del 30 de septiembre al 1^o de octubre, seis generales del alto estado mayor del ejército de tierra son secuestrados por un grupo de soldados rebeldes y brutalmente ejecutados.

Aún desconocido en la época, Suharto, general y comandante de la reserva estratégica, reacciona y toma la cabeza del ejército para acabar con esta insurrección. Disuelve el PKI e prohíbe las doctrinas vinculadas al comunismo. Luego se asegura de obtener poderes plenos obligando a Soekarno a firmar la « Supersemar » que le permite tomar el lugar del presidente. Destituido, el antiguo líder indonesio se retira de la escena pública y vive en residencia vigilada hasta su muerte en 1970.

Comienza entonces una transición sangrienta hacia un « Nuevo Orden ». Los partidarios comunistas, sus familias y amigos se convierten así en objetivos de una purga política sangrienta y represiva. Dirigidos por el Partido Nacional Indonesio, el Partido Musulmán Nahdlatul Ulama y las fuerzas armadas, estas masacres apuntan también a musulmanes moderados, hinduistas, cristianos y otras minorías étnicas y religiosas como los chinos de Indonésia. Causarán alrededor de 500 000 víctimas y se extenderán durante varios meses. Un millón de personas son deportadas a campos. Este período es considerado como uno de los más oscuros de la historia de Indonésia.

El gobierno de Suharto

Ahora bien aferrado al poder, Suharto tiene la ambición de contribuir al desarrollo de Indonésia, en detrimento de la libertad política de los indonesios. Restablecen relaciones con Estados Unidos y las grandes organizaciones internacionales como la ONU o el FMI. En paralelo, rompe las relaciones diplomáticas con el bloque soviético y China.

Cada cinco años, el gobierno en funciones organiza un simulacro de elecciones presidenciales del que Suharto siempre sale vencedor. Así permanecerá treinta y tres años al frente de Indonésia.

Bajo su presidencia, el archipiélago comienza a recibir inversiones de capital extranjero y a afirmarse en el plano económico. Suharto también permite que las compañías petroleras internacionales se instalen en el territorio. Los ingresos generados hacen posible la creación de nuevas infraestructuras administrativas, educativas y sanitarias.

Obligada también a liberalizar su economía en los años 1980, Indonésia experimenta la expansión de las privatizaciones empresariales. Suharto las coloca en manos de allegados y de sus hijos que se enriquecen considerablemente. Además, muchos conflictos políticos surgen particularmente en Timor invadido por Indonésia. Esta región sufre numerosas masacres y se estima que las víctimas ascienden a 200 000 personas.

En detrimento de la población, la corrupción y el malversación de fondos se vuelven moneda corriente dentro del gobierno. Las desigualdades sociales se acentúan y el descontento general aumenta.

Finalmente, la crisis económica asiática que ocurre a finales de los años 1990 da luz verde a la insurrección. Numerosas manifestaciones y disturbios estallan dentro del archipiélago. Muchos indonesios reclaman la salida de Suharto. Este termina por dimitir de la presidencia en 1998 y cede su lugar a su primer vicepresidente B. J. Habibie.

Una período de reformas se produce entonces y permite poco a poco a Indonésia volver a conectar con los fundamentos democráticos tan esperados.